Il y a cinq usines à puits sur le territoire du SEDIF : celle d'Aulnay-sous-Bois, celle de Pantin, celle de Neuilly-sur-Seine, celle de Maisons-Laffitte et celle de la nappe du Calcaire de Champigny.
L'eau puisée très profondément dans le sol est une eau très peu polluée par rapport à l'eau de rivière. Elle ne subit donc qu'un léger traitement avant d'être mélangée à l'eau produite par les trois principales usines du Syndicat.
Les usines à puits ne représentent que 5% de la production totale du Syndicat. Elles ont cependant une importance stratégique dans la mesure où elles participent, comme les intercommunications, à la sécurité de l'alimentation en eau de la banlieue parisienne. Ce sont par ailleurs des ressources protégées -notamment de la pollution atmosphérique-, qui font l'objet de périmètres de protection définis par la réglementation officielle.